Με σπουδές αμιγώς πολιτικής επιστήμης στο Εθνικό & Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης & Δημόσιας Διοίκησης), στο οποίο πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές (ΠΜΣ «Πολιτικής Επιστήμης & Κοινωνιολογίας») και εκπόνησε με υποτροφία του «Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών» (ΙΚΥ) διδακτορική διατριβή με επίδοση «Άριστα», ο Γιάννης Καραγιάννης δραστηριοποιείται ερευνητικά στα βασικά πεδία της σύγχρονης πολιτικής ανάλυσης και μεθοδολογίας, στη μελέτη των πρακτικών κυβέρνησης και άσκησης εξουσίας με τις συνοδεύουσες στοχαστικές και λογοθετικές πλαισιώσεις τους, στην ανάλυση του πολιτικού λόγου και των ποικίλων σχετικών θεωρητικών και μεθοδολογικών προσεγγίσεων που την υποστηρίζουν («ανάλυση λόγου», «ρητορική ανάλυση», «αφηγηματική ανάλυση», «κριτική ανάλυση λόγου», κ.λπ.), στη μελέτη της πολιτικής επικοινωνίας στις σύγχρονες συνθήκες της παγκοσμιότητας, καθώς και στη σπουδή της ελληνικής πολιτικής μέσα από μια πολυεπίπεδη θεωρητική, μεθοδολογική και θεματική προοπτική (άσκηση εξουσίας, αντιλήψεις κυβέρνησης και πολιτικός λόγος, κομματικός και πολιτικός ανταγωνισμός, κράτος και κρατικές πολιτικές, πολιτική αντιπροσώπευση και πολιτικό προσωπικό, κοινωνικές και πολιτικές διαιρέσεις, πολιτικές ταυτότητες, πρακτικές και συμπεριφορές, πολιτική κουλτούρα, αξιακό περιβάλλον και ιδεολογίες, «κοινωνία πολιτών»).

Έχει διδάξει στο Εθνικό & Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (2005-2006 & 2008) και, ως εντεταλμένος διδασκαλίας (ΠΔ 407/80) στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Κρήτης (2010-2013), στο οποίο εκλέχτηκε ως λέκτορας το 2009 και σήμερα είναι μόνιμος επίκουρος καθηγητής. Έχει δραστηριοποιηθεί ερευνητικά ως «Κύριος Μεταδιδάκτορας Ερευνητής» στο πλαίσιο του προγράμματος «ΠΥΘΑΓΟΡΑΣ Ι» (2004-2006), καθώς και σε διεθνή (CNEP II & III) και εγχώρια ερευνητικά δίκτυα («ΘΑΛΗΣ» 2012-2015). Είναι κριτής και αρθρογραφεί σε επιστημονικά περιοδικά και συμμετέχει σε επιστημονικά συνέδρια στην Ελλάδα και στο εξωτερικό. Διετέλεσε Ταμίας (2004-2006) και Γενικός Γραμματέας (2014-2016) στο Διοικητικό Συμβούλιο της «Ελληνικής Εταιρείας Πολιτικής Επιστήμης» (ΕΕΠΕ) και συμμετείχε στην ίδρυση του Θεματικού Δικτύου για την Ανάλυση Πολιτικού Λόγου (www.discourse-analysis.gr) που τελεί υπό την αιγίδα της. Στο διάστημα 2016-2018 υπήρξε μέλος της Συντακτικής Επιτροπής του επιστημονικού περιοδικού της ΕΕΠΕ («Ελληνική Επιθεώρηση Πολιτικής Επιστήμης») και πρωτοστάτησε στη μετάβασή του στη διαδικτυακή πλατφόρμα ανοικτής πρόσβασης του «Εθνικού Κέντρου Τεκμηρίωσης» (ΕΚΤ).